经过证监会17个月的调查，7月10日晚间，獐子岛公告称，公司及相关人员收到证监会下发的《行政处罚及市场禁入事先告知书》。告知书指出，獐子岛2016年虚增利润，2017年虚减利润，且部分公告涉嫌虚假记载。证监会拟对獐子岛及24名当事人作出行政处罚。其中，因公司董事长吴厚刚违法行为情节严重，证监会除了给予警告并处以30万元罚款外，还拟对吴厚刚采取终身市场禁入措施。
证监会指出，獐子岛虾夷扇贝成本结转过程无逐日采捕区域记录可以参考，财务人员也没有有效手段核验。中科宇图制作的单月拖网捕捞轨迹图，与獐子岛账面记载的各月拖网捕捞区域有明显差异。经比对，发现獐子岛账面有重复结转成本的情形，账面采捕区域还涵盖了部分内区，甚至涵盖了岛屿。
受虚减营业成本、虚减营业外支出影响，獐子岛2016年年报虚增资产1.31亿元，虚增利润1.31亿元，虚增利润占当期披露利润总额的158.15%。2016年年报中利润总额为8292.53万元，净利润为7571.45万元，追溯调整后利润总额为亏损4822.23万元，净利润为亏损5543.31万元，业绩由盈转亏。
此外，证监会调查发现，獐子岛盘点未如实反映客观情况，核销海域中，2014年、2015年和2016年底播虾夷贝分别有20.85万亩、19.76万亩和3.61万亩已在以往年度采捕，致使虚增营业外支出2.48亿元，占核销金额的42.91%;减值海域中，2015年、2016年底播虾夷贝分别有6.38万亩、0.13万亩已在以往年度采捕，致使虚增资产减值损失1110.52万元，占减值金额的18.29%。
受虚增营业成本、虚增营业外支出和虚增资产减值损失影响，獐子岛2017年年度报告虚减利润2.79亿元，占当期披露利润总额的38.57%，追溯调整后，业绩仍为亏损。
2017年10月25日，獐子岛披露了《关于2017年秋季底播虾夷扇贝抽测结果的公告》。根据记录，当时獐子岛秋测使用的是“獐子岛科研19”号船。然而，“獐子岛科研19”号船在公司记录的秋测天数内，被航行轨迹证实执行计划的点位极少，而秋测抽取但未实际执行的66个点位已占秋测全部披露点位的55%。獐子岛2017年秋测结果内容已经严重失实，涉嫌虚假记载。
獐子岛表示，公司及相关人员将根据海洋产业的行业属性，公司成本结转及核算的合理依据以及船舶航迹适用性等相关情况，对上述相关拟处罚措施进行陈述、申辩和听证。
